La ermita es la primera capilla construida en Cuenca que data de 1557
Gracias a los informes presentados por los arqueólogos Jaime Idrovo y Jorge Guamán, se puede observar en la primera ventana arqueológica los restos del atrio de la Ermita San Marcos, construida en piedra bola de río o piedra de canto rodado, la ermita es la primera capilla construida en Cuenca que data de 1557.
Ermita de San Marcos
En la segunda ventana arqueológica se puede ver el sistema constructivo, el piso de ladrillo original de lo que era la ermita San Marcos y los muros de adobe de la capilla.
Durante el proceso de reconstrucción de la iglesia se encontró cimientos y parte de un muro de adobe de una casa colonial que estaba ubicada detrás de la Ermita de San Marcos.
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