El altar mayor original que data de 1905 fue una construcción de adobe construido con tres hornacinas que se perdió con el paso del tiempo, gracias a una antigua fotografía en blanco y negro, se pudo recrear el altar que es el que se encuentra actualmente. En la parte central del altar está ubicada la escultura del Sagrado Corazón de Jesús, Patrono del templo, del Ecuador y la congregación, a la izquierda San José que data del siglo XX y a la derecha el Sagrado Corazón de María. En el centro del altar se encuentra el sagrario cubierto de la técnica de pan de oro. A la izquierda tenemos al arcángel San Gabriel que data del siglo XIX, pertenece a la época colonial, tienen un estilo rococó y se supone que es de la escuela quiteña, y en la derecha tenemos al arcángel San Miguel que data del siglo XVIII, esta escultura tiene un estilo rococó, de la época colonial y es parte de la escuela quiteña. En la parte de atrás del altar mayor hay un mural representando a dos ángeles custodiando una banda que dice “VED ESTE CORAZÓN REY DE AMOR”, este mural fue descubierto durante el proceso de restauración en el 2008.